Vägga Gymnasieskola är indelad i fyra skolenheter samt en BAS-enhet med skolbibliotek, administration och elevhälsa. 

Skolenhet 1

Gymnasiesärskolan (Anpassade gymnasieskolan), Introduktionsprogrammen och Elevhälsan

Rektor: Anja Vikström

Skolenhet 2

Barn- och fritidsprogrammet, Estetiska programmet, Samhällsvetenskapsprogrammet samt Vård- och omsorgsprogrammet.

Rektor: Ann-Marie Nilsson

Skolenhet 3

Bygg- och anläggningsprogrammet, Ekonomiprogrammet, Hotell- och turismprogrammet, Restaurang- och livsmedelsprogrammet samt VVS- och fastighetsprogrammet.

Rektor: Nils Andersson

Skolenhet 4

El- och energiprogrammet, Fordons- och transportprogrammet, Naturvetenskapsprogrammet samt Teknikprogrammet,

Rektor: Christina Jonsson